Menurut cerita masyarakat setempat, selama ratusan tahun silam gua tersebut berfungsi sebagai tempat untuk menyimpan jenazah raja atau kaum bangsawan Suku Pamona dan keluarganya. Hal itu dapat dibuktikan dengan adanya kerangka manusia dan keranda yang masih ada didalamnya.
Gua sepanjang sekitar 200 meter tersebut memiliki kedalaman 80 meter. Dulunya, panjang gua lebih dari 200 meter. Namun karena perubahan kondisi alam adanya reruntuhan, akhirnya panjangnya hanya sebatas itu. Mulut Gua Pamona lebarnya 2 meter, namun pada sebagian jalan di gua tingginya kurang dari satu meter, sehingga memaksa pengunjung untuk berjalan sambil berjongkok.
Letak gua yang dalam menyebabkan oksigen didalamnya relative sedikit. Hal itu membuat pengunjung merasa gerah dan cepat lelah saat menjelajahinya. Pencahayaan pun sangat minim, hanya mengandalkan sinar matahari yang menembus celah-celah kecil bebatuan diatasnya. Suasana di dalam menjadi remang-remang dan menambah miris orang yang percaya pada cerita mistis