Terdapat banyak pulau kecil yang terdapat di sekitar Labuanbajo yang juga merupakan tempat wisata yang sangat menarik antara lain Pulau Bidadari yang dapat dicapai selama 6 jam menggunakan perahu motor dari Labuanbajo. Pulau ini mempunyai kawasan perairan yang airnya sangat jernih dan terdapat berbagai aneka terumbu karang. Selain itu terdapat jg lokasi yang menantang untuk menyelam seperti pulau Sabolo Besar dan Sabolo Kecil.
Sedangkan dibagian timur Labuanbajo terdapat wisata pantai Batugosok dan Weicucu. Pantai ini sudah mempunyai sarana akomodasi yang lengkap bagi wisatawan. Pantai Weicucu terkenal akan keindahan pantainya yaitu mempunyai pasir putih dan juga terdapat sebuah pulau kecil dipantai ini. Diujung jalan melalui Pantai Weicucu terdapat juga pelabuhan yang digunakan untuk penyewaan perahu motor dimana perahu ini mengantarkan pengunjung ke pulau-pulau kecil di sekitar wilayah ini seperti Pulau Bidadari, Kanawa dan Rinca.