Menurut sejarahnya, Benteng Otanaha didirikan sebagai benteng pertahanan, benteng ini dibangun oleh Raja Ilato pada tahun 1522 Masehi. Dengan prakarsa pemimpin-pemimpin kapal Portugis yang berhenti di pelabuhan Gorontalo. Benteng yang terbuat dari pasir, batu kapur dan telur Burung Maleo ini uniknya sangat kuat meskipun semennya terbuat dari telur.
Terdapat cerita tentang Benteng Otanaha ini, dulu kala Raja Ilato mempunyai 3 orang anak, 2 orang putri dan 1 orang putra yang bernama Ndoba, Naha dan Tiliaya. Pada saat usianya menginjak remaja, Naha pergi ke negeri seberang untuk merantau, dan kedua saudara perempuan yang lainnya tetap tinggal di Kerajaan Gorontalo. Pada tahun 1585, Naha berniat kembali ke Gorontalo dan mempersunting Ohihiya. Singkat cerita, mereka dikaruniai 2 orang anak, Paha dan Limonu. Suatu hari terjadilah perang dengan Hemuto, pemimpin transmigran. Naha dan Paha pun akhirnya tewas dalam peperangan tersebut. Limonu yang tidak terima atas kematian kakak dan ayahnya pun menuntut balas.
Untuk mengenang perjuangan mereka dalam perang melawan Hemuto, maka dari itu benteng tersebut diberi nama benteng Ulupahu, benteng Otahiya dan benteng Otanaha. Di dalam perkembangannya, benteng tersebut lebih populer dengan sebutan Benteng Otanaha.
Benteng Otanaha dibangun di sebuah bukit. Wisatawan yang berkunjung ke benteng ini harus melewati beberapa anak tangga dan 4 persinggahan. Anehnya, anak tangga di setiap persinggahan tidak sama jumlahnya. Dari perjalanan awal sampai ke persinggahan pertama berjumlah 52 anak tangga, dari pesinggahan pertama ke persinggahan kedua berjumlah 83 anak tangga, dari persinggahan kedua ke persinggahan ketiga berjumlah 53 anak tangga, dari persinggahan ketiga ke persinggahan keempat berjumlah 89 anak tangga. Dan untuk sampai ke benteng berjumlah 71 anak tangga. Begitu sampai, wisatawan juga dapat melihat keindahan Danau Limboto yang menakjubkan dari atas benteng.