Museum Kota Makassar didirikan atas ide yang dilontarkan oleh Drs. HB. Amiruddin Maula, S.H., Msi saat mengawali masa jabatannya sebagai walikota Makassar. Museum ini menempati gedung balaikota lama yang terletak di jantung kota Makassar. Gedung yang digunakan merupakan sebuah bangunan bersejarah yang didirikan pada masa kolonial Belanda pada 1916.
Museum kota Makassar yang diresmikan pada 7 Juni 2000 ini, hadir untuk melayani kebutuhan masyarakat akan informasi mengenai identitas dan sejarah kota Makassar serta budaya penduduk Makassar yang pluralistik melalui program berupa seminar, pameran, dan kesejarahan.