Kedaton Sultan Bacan terletak di tengah Kota Labuha, tepatnya di jl. Usmansyah. Kedaton yang ada saat ini awalnya merupakan kediaman sultan Muksin Syah. Kediaman sultan ini digunakan sebagai kedaton dikarenakan kedaton sebelumnya hancur akibat perang dunia II. Kedaton ini sempat direnovasi pada tahun 2003 dengan mengganti bagian atap rumahnya. Warna kuning yang mendominasi kedaton ini melambangkan kesultanan.
Kedaton ini juga menjadi tempat untuk menyimpan barang-barang peninggalan yang masih dapat diselamatkan dari kedaton aslinya yang hancur terbakar selama Perang dunia II. Benda peninggalan tersebut antara lain mahkota, keris, beserta payung. Mahkota yang disebut Lakare ini terbuat dari kain beludru dengan hiasan batu-batu mulia asli. Mahkota ini merupakan daya tarik yang sangat besar bagi pengunjung kedaton ini.