Taman Nasional Kepulauan Togean merupakan kepulauan yang terletak dalam zona transisi garis Wallace dan Weber dan merupakan gugusan pulau-pulau kecil yang melintang di tengah Teluk Tomini, kawasan TNKT terletak pada koordinat 00o07’43’’-00o65’06” LS dan 121o.51’63’’-1220.44’00” BT, memanjang sekitar 102,7 km, dengan luas daratan kurang lebih 755,4 km2, yang terdiri dari kurang lebih 66 pulau besar dan kecil. Pulau Unauna, Batudaka, Togean, Talatakoh, Waleakodi dan Waleabahi merupakan pulau-pulau besarnya.