Taman Nasional Bogani Nani Wartabone yang sebelumnya bernama Dumoga Bone, memiliki berbagai keunikan ekologi sebagai kawasan peralihan geografi daerah Indomalayan di sebelah Barat dan Papua-Australia di sebelah Timur (Wallaceae Area).
Tumbuhan yang khas dan langka di Taman Nasional Bogani Nani Wartabone yaitu palem matayangan (Pholidocarpus ihur), kayu hitam (Diospyros celebica), kayu besi (Intsia spp.), kayu kuning (Arcangelisia flava) dan bunga bangkai (Amorphophallus companulatus). Sedangkan tumbuhan yang umum dijumpai seperti Piper aduncum, Trema orientalis, Macaranga sp., cempaka, agathis, kenanga, berbagai macam jenis anggrek, dan tanaman hias.