Museum Trowulan adalah museum arkeologi yang terletak di Trowulan, Mojokerto, Jawa Timur, Indonesia. Museum ini dibangun untuk menyimpan berbagai artefak dan temuan arkeologi yang ditemukan di sekitar Trowulan. Tempat ini adalah salah satu lokasi bersejarah terpenting di Indonesia yang berkaitan dengan sejarah kerajaan Majapahit.
Sejarah Museum Trowulan berkaitan erat dengan sejarah situs arkeologi Trowulan. Reruntuhan kota kuna di Trowulan ditemukan pada abad ke-19. Sir Thomas Stamford Raffles, gubernur jenderal Jawa antara tahun 1811 sampai tahun 1816 melaporkan keberadaan reruntuhan candi yang tersebar pada kawasan seluas beberapa mil. Saat itu kawasan ini ditumbuhi hutan jati yang lebat sehingga tidak memungkinkan untuk melakukan survei yang lebih terperinci.
Keperluan mendesak untuk mencegah penjarahan dan pencurian artefak dari situs Trowulan adalah alasan utama dibangunnya semacam gudang penyimpanan sederhana yang akhirnya berkembang menjadi Museum Trowulan. Museum ini didirikan oleh Henri Maclaine Pont, seorang arsitek Belanda sekaligus seorang arkeolog, serta berkat peran Bupati Mojokerto, Kanjeng Adipati Ario Kromodjojo Adinegoro